Professora Sênior
Laboratório de Genética Microbiana
Laboratory of Microbial Genetics
Linha de pesquisa: Melhoramento genético de microrganismos para o desenvolvimento sustentável
Research interests: Microbial Genetics
Resumo: Construção de novas linhagens microbianas recombinantes que tenham adquirido a capacidade de: i) adsorver íons de metais tóxicos, de modo a serem utilizadas na biorremediação ambiental de sítios poluídos por tais metais; ii) expressar rodopsinas heterólogas, de modo a produzir hidrogênio e/ou polihidroxialcanoatos com maior eficiência na presença de luz.
Abstract: Construction of new recombinant microbial strains having acquired the ability to: i) adsorb toxic metal ions, in order to be used in environmental bioremediation of metal polluted sites; ii) express heterologous rhodopsins and hence to produce hydrogen and/or polyhydroxyalcanoates more efficiently in the presence of light.
ICB II, Departamento de Microbiologia
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Laboratório de Biologia Molecular e Ecologia Microbiana
Laboratory of Mulecular biology and Microbial ecology
Linha de pesquisa: Ecologia Microbiana
Research interests: Microbial Ecology and Genomics
Resumo: Desenvolvimento de projetos na área de Ecologia Microbiana, envolvendo a análise da diversidade de diferentes ambientes e identificação de genes envolvidos em interações microbianas, em especial clustergênicos associados à síntese de metabólitos secundários e regulados durante a colonização da planta hospedeira. Neste contexto, o grupo tem trabalhado com genômica, transcriptômica e mutagênese aleatória nas bactérias Burkholderia seminalis e Methylobacterium mesophilicum e no fungo Epicoccum nigrum. Estes microorganismos colonizam a planta hospedeira sem induzir doenças ou quaisquer danos às plantas hospedeiras.
Abstract: The group develops projects in Microbial Ecology, involving the analysis of the diversity of microbial community from different environments and the identification of genes involved in microbial interactions, in particular gene clusters associated with the synthesis of secondary metabolites and regulated during colonization of the host plant. In this context, they have worked with genomics, transcriptomics and random mutagenesis in bacteria Burkholderia seminalis and Methylobacterium mesophilicum and fungus Epicoccum nigrum. These microorganisms colonize the host plant without inducing disease or damage.
+ 55 (11) 3091-7346 / 3091-0981
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participações
Laboratório de Genética Molecular Bacteriana
Laboratory of Bacterial molecular genetics
Linha de pesquisa: Biologia molecular de bactérias
Research interests: Bacterial molecular biology
Resumo: Estudar os mecanismos através dos quais as bactérias modulam seu metabolismo de DNA, ora favorecendo a defesa da integridade genética, ora gerando variabilidade que serve de matéria prima para a seleção natural e evolução, é de suma importância para vários aspectos da Microbiologia, tais como a resistência a antibióticos, a variação antigênica e a manipulação de microrganismos para processos biotecnológicos. No laboratório, o grupo estuda os mecanismos de reparo de DNA e mutagênese, bem como o controle da expressão dos genes envolvidos nestas vias. São utilizadas as bactérias Caulobacter crescentus e Pseudomonas aeruginosa como modelo de estudo.
Abstract: The study of the mechanisms by which bacteria modulate their DNA metabolism, sometimes favoring the defense of genetic integrity, sometimes generating variability that servesas raw material for natural selection and evolution, is of paramount importance to various aspects of Microbiology, such as resistance to antibiotics, antigenic variation and manipulation of microorganisms for biotechnological processes. In the laboratory, the group studies the DNA repair and mutagenesis mechanisms, as well as control the expression of genes involved in these pathways. They use the bacteria Caulobacter crescentus and Pseudomonas aeruginosa as study models.
+ 55 (11) 3091-7345 / 3091-7353
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participações
Laboratório de Estrutura e Evolução de Proteínas
Laboratory of Proteins Sctrcture and Evolution
Linha de pesquisa: Evolução de proteínas, genômica comparativa
Research interests: Protein evolution, comparative genomics
Resumo: O grupo estuda a história evolutiva de genes e proteínas em diversos organismos com o objetivo de entender e caracterizar a origem e função desses genes, sua estrutura e interações com outros genes. A inferência de novas vias metabólicas a partir de análises comparativas, a caracterização de grandes transições evolutivas e seus efeitos sobre a arquitetura de genes e genomas, bem como a predição da funções de genes pouco conhecidos estão entre as principais aplicações e resultados das análises.
Abstract: The group studies the evolutionary history of genes and proteins in different lineages of organisms, focusing on the origin and identification of novel protein domains and the evolution of genes and genomes in prokaryotes. The objective is to understand and characterize the origin and function of these genes, their structure and interactions with other genes. From this work, the group identifies new enzymes and protein families, propose novel metabolic pathways and identify the effects of these genes over the organisms biology and genome architecture.
+ 55 (11) 3091-0891 / 3091-7332
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participações
Laboratório de Genética e Fisiologia Bacteriana
Laboratory of Bacterial Physiology and Genetics
Linha de pesquisa: Estudo das proteínas do sistema transportadores (ABC) e aderência. Educação em microbiologia
Research interests: Study of the transport system proteins (ATP binding cassettes) and adhesion. Education in microbiology
Resumo: 1. Estudos relacionados à fisiologia e à patogenicidade do Streptococcus mutans: sistemas transportadores de nutrientes do tipo ABC e a proteína P1 na adesão à superfície dental. Aplicações no desenvolvimento de vacinas contra a cárie dental. 2. Novas abordagens no ensino da microbiologia com intuito de aumentar a interação com os alunos e incentivar a prática da pesquisa.
Abstract: 1. Studies related to the physiology and pathogenicity of Streptococcus mutans: ABC type nutrient transport systems and the role of the P1 protein in adhesion to the tooth surface. Applications on the development of dental caries vaccines. 2. New teaching approaches in microbiology aiming for the improvement of student engagement in classes and to incentive research activities.
+ 55 (11) 3091-7408
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participações
Laboratório de Evolução Molecular e Bioinformática
Laboratory of Molecular evolution and Bioinformatics
Linha de pesquisa: Resistência viral sob uma abordagem integrada de genética populacional e bioquímica
Research interests: Viral Resistance under an integrated approach of Population Genetics and Biochemistry
Resumo: O grupo desenvolve pesquisa em virologia com ênfase em evolução e aspectos básicos da biologia viral. Eles estudam Flavivirus, HIV-1, Baculovírus e retrovírus endógenos e têm colaborações com grupos no Brasil e no exterior.
Abstract: The group does research in virology with emphasis on evolution and basic aspects of virus biology. They are studying Flavivirueses, HIV-1, Baculoviruses and endogenous retroviruses and have collaborations with research groups in Brazil and abroad.
+ 55 (11) 3091-8453
Laboratório de Resistoma & Alternativas Terapêuticas
Laboratory of Resistome & Therapeutic alternatives
Linha de pesquisa: Resistência bacteriana e alternativas terapêuticas
Research interests: Antibiotic resistance and therapeutic alternatives
Resumo: A investigação foca o estudo dos mecanismos de resistência aos agentes antimicrobianos na medicina humana e veterinária e a caracterização fisico-química e avaliação in vitro/in vivo de agentes antimicrobianos, nanopartículas, e sistemas de liberação controlada.
Abstract: The research focuses on mechanisms of resistance to antimicrobial agents in human and veterinary medicine and physicochemical and in vitro/in vivo evaluation of antimicrobial agents, nanoparticles, and controlled release systems.
+ 55 (11) 3048-8168 / 3091-7296
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participação
Laboratório de Biogênese Mitocondrial
Laboratory of Mitochondrial Biogenesis
Linha de pesquisa: Fisiologia e Biologia Molecular de Microrganismos
Research interests: Mitochondrial biogenesis
Resumo: O Laboratório de Biogênese Mitocondrial do Departamento de Microbiologia tem buscado a caracterização de genes de função desconhecida cujo produto gênico é direcionado à mitocôndria. O grupo atuou na caracterização de alguns deles tendo os renomeados como COX23, COX24, COQ9, ATP25, COQ10 e GTF1. A presença de uma clara deficiência de crescimento em meio seletivo para a atividade respiratória facilitou o isolamento desses genes para a definição das suas respectivas deficiências específicas, ou seja: na síntese e distribuição da coenzima Q, e na formação de uma amidotransferase mitocondrial (Barros et al., 2005; Barros et al., 2011) A caracterização funcional desses genes permitiu o desenvolvimento de novos projetos apoiados pela FAPESP e CNPq entre 2011 e 2015.
Abstract: The Laboratory of Mitochondrial Biogenesis focuses in uncharacterized genes involved in this process. In the last years the group has studied and renamed the following genes: COX23, COX24, COQ9, ATP24, COQ10 and GTF1. Yeast respiratory mutants present a clear deficiency growth on nonfermentable carbon source, and this phenotype is the starting point to study the specific defect in each mutant. COQ10 and GTF1, for instance, were respectively described as necessary for the distribution of coenzyme Q and in the assembly of a mitochondrial amidotransferase (Barros et al., 2005; Barros et al., 2011). These studies have been supported by FAPESP and CNPq.
+ 55 (11) 3091-8456 / 3091-7342
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participações
Laboratório de Fisiologia e Genética Bacteriana
Laboratory of Bacterial Physiology and Genetics
Linha de pesquisa: Sistemas regulatórios da resposta bacteriana a estresses
Research interests: Regulatory networks of bacterial stress response
Resumo: A percepção de sinais ambientais é crucial para a célula modificar seu padrão de expressão gênica para enfrentar mudanças no ambiente. Os sistemas regulatórios garantem que a resposta seja finamente regulada, por mecanismos transcricionais e pós-transcricionais. O principal objetivo da pesquisa é identificar os sinais ambientais, os sistemas de transdução de sinais e os mecanismos regulatórios importantes para a resposta a estresses na bactéria oligotrófica Caulobacter crescentus. Esta bactéria de vida livre está adaptada a viver em ambientes com baixíssimo teor nutricional, e possui um ciclo de desenvolvimento com um passo de diferenciação celular, não usual em bactérias.
Abstract: The sensing of environmental signals is crucial for the cell to reset its gene expression to face the changes in the environment. The regulatory systems ensure that the response is finely tuned, by both transcriptional and post-transcriptional mechanisms. The main goal of this project is to identify the environmental signals, signal transduction systems and regulatory mechanisms important for stress response in the oligotrophic bacterium Caulobacter crescentus. This free-living bacterium is well adapted to very low nutrient environments, and possesses a developmental cycle that includes a unique step of cell differentiation that is unusual in bacteria.
+ 55 (11) 3091-7299
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participação
Laboratório de Microbiologia Oral
Laboratory of Oral Microbiology
Linha de pesquisa: Formação de biofilmes e invasão celular por bactérias orais
Research interests: Biofilm formation and cell invasion by oral bacteria
Resumo: Esta linha de pesquisa visa estudar a modulação da formação dos biofilmes e invasão celular por bactérias orais. São investigados fatores ecológicos envolvidos na formação do biofilme incluindo mecanismos de ligação de bactérias às superfícies bucais, interferência da dieta, interação e comunicação interbacterianas nos biofilmes orais. Além disso, a capacidade de adesão, invasão e sobrevivência de bactérias orais em diversas linhagens celulares constituem importantes fatores bacterianos nas doenças periodontais e sistêmicas e portanto são também investigados. A expressão e a determinação das funções biológicas de genes envolvidos nesses processos permitem esclarecer como os biofilmes e a invasão celular são modulados nas suas diferentes fases e condições, permitindo subsidiar o desenvolvimento de estratégias para o controle da cárie e das doenças periodontais.
Abstract: This research aims to study the modulation of biofilm formation and cell invasion by oral bacteria. Ecological factors involved in biofilm development are investigated including the attachment of oral bacteria to buccal surfaces, interference of diet factors, interspecies interaction and communication between microorganisms in the oral biofilm. In addition, the adhesion, invasion and survival ability of oral bacteria in several cell lines constitute important bacterial factors for periodontal and systemic diseases and are also investigated. Expression and determination of the biological functions of genes involved in these processes allow clarifying how the biofilms and cell invasion are modulated in different stages and conditions, allowing support to the development of strategies for the control of caries and periodontal diseases.
+55 (11) 3091-7201
Laboratório de Biologia Estrutural Aplicada
Laboratory of Applied Structural Biology
Linha de pesquisa: Biologia Estrutural, biossíntese de antibióticos e desenho de fármacos
Research interests: Structural Biology, antibiotic biosynthesis and drug discovery
Resumo: O grupo trabalha em duas linhas de pesquisa envolvendo o desenvolvimento de novos fármacos e entendimento de mecanismos biológicos de antimicrobianos. Em uma primeira abordagem trabalham com o desenvolvimento de novas moléculas (fármacos) através da técnica de desenho de drogas baseado em fragmentos aplicada a tuberculose. Essa metodologia consiste na identificação de moléculas de baixo peso molecular (100-300 da) que se ligam ao sítio ativo de enzimas essenciais da bactéria. Em uma segunda linha de pesquisa trabalham com processos de biologia sintética e biotecnologia. Nessa linha de pesquisa, tentam entender como alguns microrganismos são capazes de produzir antibióticos e aplicar esses conhecimentos na obtenção de derivados de antibióticos conhecidos com atividade biológica alterada.
Abstract: The group works in two research fields, which include the development of new drugs and the understanding of biological mechanisms of antimicrobials. In a first approach, they work with the development of new molecules (drugs) through fragments based drug discovery applied to tuberculosis. This methodology consists of identifying molecules of low molecular weight (100-300 da) which bind in the active site of essential enzymes of bacteria. In a second approach, they work with processes of synthetic biology and biotechnology. In this area, they try to understand how some microorganisms are able to produce antibiotics and apply this knowledge to obtain new derivatives of known antibiotics with altered biological activity.
+ 55 (11) 3091-7420 / 3091-7275
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participação
Laboratório de Microbiologia Oral
Laboratory of Oral Microbiology
Linha de pesquisa: Microbiologia Oral
Research interests: Human Microbiome
Resumo: O desequilíbrio da microbiota residente induz doenças da cavidade oral como periodontite, que é associada a condições como aterosclerose e diabetes. O Laboratório de Microbiologia Oral tem como foco o estudo de condições que induzam a disbiose, os mecanismos de virulência de patógenos orais, e o desenvolvimento de estratégias para obter homeostase. Culturas celulares, modelos animais e métodos de microbioma e metagenoma são traduzidos para estudos clínicos avaliando o efeito de probióticas e produtos naturais na saúde humana.
Abstract: The imbalance of the resident microbiota leads to diseases of the oral cavity such as periodontitis, which is associated with conditions such as atherosclerosis and diabetes. The Oral Microbiology Laboratory focuses on the study of conditions that induce dysbiosis, virulence mechanisms of oral pathogens, and development of strategies for achieving homeostasis. Studies using bacterial and cell cultures, animal models and microbiome/metagenomics methods are translated into clinical studies evaluating the effects of probiotic bacteria and natural products to human health.
+ 55 (11) 3091-7350 / 3091-7348
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participação
Laboratório de Bioprodutos
Laboratory of Bioproducts
Linha de pesquisa: Metabolismo bacteriano e aplicação de diferentes estratégias para melhorar a geração de bioprodutos
Research interests: Bacterial metabolism and use of different strategies to improve the the generation of bioproducts
Resumo: Os interesses do grupo de investigação estão centrados na compreensão e redirecionamento de vias metabólicas bacterianas para melhorar a geração de bioprodutos. Para isso, são realizados estudos sobre o metabolismo bacteriano, análise de fluxos metabólicos aplicados à biossíntese de plásticos biodegradáveis e elastômeros (principalmente poli-hidroxialcanoatos – PHA), e também outros compostos de interesse biotecnológico. Outros assuntos de interesse incluem a síntese e degradação de biopolímeros por bactérias, o catabolismo de ácido propiônico em bactérias, o isolamento, a seleção e melhoramento de microrganismos industriais, métodos de preservação de microrganismos de interesse industrial e organização de coleções de cultura, a utilização de resíduos agro-industriais para a produção de PHA e etanol, visando à inserção de tais processos em modelos de biorrefinaria.
Abstract: The research interests of Prof. Dr. Luiziana Silva and her group are focused on understanding and redirecting the metabolic routes, leading to the improvement of processes to generate bacterial bioproducts, and involve studies on bacterial metabolism, metabolic flux analysis, biosynthesis of biodegradable plastics and elastomers (mostly polyhydroxyalkanoates – PHA), and also other compounds of biotechnological interest. Other topics of interest include synthesis and degradation of biopolymers by bacteria, propionic acid catabolism in bacteria, isolation, selection and improvement of industrial microorganisms, preservation methods for industrial organisms, culture collection organization, use of agroindustrial wastes for the production of PHA and ethanol, inserting those processes into biorefinery models.
+ 55 (11) 3048-8403 / 3091-7730
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participação
Laboratório de Quimioterapia Antifúngica
Laboratory of Antifungal Chemotherapy
Linha de pesquisa: Desenvolvimento de Antifúngicos
Research interests: Antifungal Development
Resumo: Infecções causadas por fungos têm se tornado um grande problema de saúde pública. As infecções fúngicas invasivas mais comuns são causadas por Candida spp., Cryptococcus spp. e Aspergillus spp. Embora exista tratamento para essas infecções, os fármacos antifúngicos possuem algumas limitações, como efeitos colaterais, baixa biodisponibilidade, alto custo do tratamento além do aumento de isolados resistentes ao antifúngicos, reforçando a necessidade de busca de novas opções terapêuticas. Inúmeras estratégias podem ser utilizadas para o desenvolvimento de novos fármacos antifúngicos, mas nosso grupo de pesquisa tem utilizando as seguintes abordagens: i)produtos naturais, ii) síntese de novas moléculas, iii) reposicionamento de fármacos; iv) incorporação de moléculas em sistemas carreadores de fármacos. Assim, buscamos por novas moléculas com potencial antifúngico, melhoramento da farmacodinâmica/farmacocinética e redução da toxicidade dos antifúngicos.
Abstract: Fungal infections have become a major public health problem. Among the invasive fungal infections, the most are frequently caused by Candida spp., Cryptococcus spp. and Aspergillus spp. Although there is treatment for these infections, the antifungal drugs have some limitations such as side effects, low bioavailability, high cost of treatment, in addition to the increase of isolates resistant to antifungals, reinforcing the need to search for new therapeutic options. Several strategies can be used to develop new antifungal drugs, but our research group has used the following approaches: i) natural products, ii) synthesis of new molecules, iii) repositioning of drugs; iv) incorporation of molecules in drug carrier systems. Thus, we search for new molecules with antifungal potential, improvement of pharmacodynamics / pharmacokinetics and to reduce the toxicity of antifungals.
+ 55 (11) 3091-7294
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participações
Laboratório de Bioprodutos
Laboratory of Bioproducts
Linha de pesquisa: Metabolismo bacteriano para o desenvolvimento de bioprodutos
Research interests: Bacterial metabolism, metabolic engineering, biobased products
Resumo: Estudos gerais sobre metabolismo bacteriano (cultivos, mutagênese, construção de linhagens recombinantes, fluxômica, carbono marcado etc) são realizados de forma a compreender e desenvolver processos biotecnológicos utilizando matérias-primas renováveis.
Abstract: General studies on bacterial metabolism (cultures, mutagenesis, construction of recombinant strains, fluxomics, labeled carbon, etc.) are carried out in order to understand and develop biotechnological processes using renewable raw materials.
+ 55 (11) 3048-8493 / 3091-7352
ICB IV, Departamento de Microbiologia
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Participação
Laboratório de Bactérias Oportunistas
Laboratory of Opportunistic bacteria
Linha de pesquisa: Biologia e distribuição de micoplasmas em humanos, animais e culturas celulares
Research interests: Micoplasmology
Resumo: Detecção por PCR e cultivo de Mollicutes de origem animal e humana incluindo culturas celulares. Diversidade genética, genotipagem, sequenciamento de algumas espécies. Determinação de concentração inibitória mínima, Virulência de Ureaplasma diversum. Resposta imune animal e humana a mollicutes (citocinas).
Abstract: Detection by PCR and culture of human and animal origin Mollicutes including cell cultures. Genetic diversity, genotyping and sequencing some species. Minimal Inhibition concentration(MIC). Virulence of Ureaplasma diversum. Human and animal Immune response to some species (cytokines).
+ 55 (11) 3091-7297
ICB II, Departamento de Microbiologia
Participação
