Um dos cinco projetos CEPID – Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão recentemente aprovados na FAPESP foi o Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B³), coordenado pelos Profs. Shaker Chuck Farah e Aline Maria da Silva do Instituto de Química da USP. O CEPID B³ inclui pesquisadores de diferentes Universidades do Estado de São Paulo, sediados em São Paulo (IQ-USP, ICB-USP), Campinas (IB-UNICAMP, IAC), Ribeirão Preto (FCFRP-USP, FMRP-USP) e Rio Claro (IB-UNESP).

Esta equipe multidisciplinar apresenta expertises que são complementares e assim a interação entre os membros fortalecerá todos os grupos envolvidos, originando uma rede de pesquisa de alta competência. Dentre os pesquisadores envolvidos estão sete docentes do Departamento de Microbiologia do ICB-USP, que ao longo dos anos vêm estreitando os laços com os pesquisadores do Departamento de Bioquímica do IQ-USP e dos outros centros.

A missão do CEPID B³ é desenvolver pesquisa de ponta na área de microbiologia molecular, para compreender os mecanismos envolvidos na reprodução, comportamento, competição, interação com o hospedeiro, com o ambiente e com bacteriófagos. As metodologias propostas incluem análises globais em larga escala com ferramentas avançadas de bioinformática, biologia estrutural experimental e computacional, biologia sintética, plataformas de triagem de potenciais moléculas de interesse, entre outras.

Este conhecimento obtido do estudo de diferentes modelos bacterianos, visa eventualmente desenvolver estratégias para interferir em seus processos fisiológicos, buscando alvos para futuras abordagens de controle.  O Centro tem também como objetivo o desenvolvimento de novas tecnologias que podem ser de interesse do setor farmacêutico, envolvendo novos antimicrobianos e estratégias de controle de patógenos na saúde humana e na agricultura. Além disso, o Centro irá também desenvolver dois projetos de Extensão, um envolvendo o uso de Microbiologia experimental para o ensino de conceitos matemática (Micromath), e o outro envolvendo o estudo de bactérias patogênicas (Adote uma Bactéria). Estes projetos de ensino serão desenvolvidos junto a escolas públicas e privadas de ensino Médio.